沼氣脫硫系統生產過程中使用、排放或泄漏的有毒有害物主要有：H2S、CO等，這些物質有的可使人中毒，有的可引發火災、爆炸等事故發生。其危害特性分別如下：

一氧化碳(C0)

無色無味的有毒氣體，能與血紅蛋白結合，妨礙其輸氧功能，造成缺氧癥。當空氣中一氧化碳濃度為400mg/m3時，會出現頭痛、虛脫等癥。濃度達1000ng/m3以上時，出現昏迷、痙攣以至于死亡。另外一氧化碳有燃燒和爆炸的危險，能與空氣形成爆炸性混合物，爆炸極限為12.5~74%。國家規定車間中一氧化碳 高允許濃度30mg/m3。根據職業性接觸毒物危害程度分級標準，一氧化碳的危險程度為II級(高度危害)。

甲醇(CH3OH)

無色透明、易揮發、高度極性液體，具有微弱的酒精氣味，閃點11℃。甲醇有毒、易燃，燃點455℃，蒸氣能與空氣形成爆炸性混合物，爆炸極限為5.5-44%‰。國家規定車間中甲醇 高允許濃度50mg/m3。根據職業性接觸毒物危害程度分級標準，甲醇的危險程度為IIl級(中度危害)。